La carrera de Especialización en Gastroenterología puede realizarse en el centro de dos formas:

• Residencia en Gastroenterología: consiste en un curso de formación regulado por el sistema de residencias médicas del Ministerio de Salud de la Provincia de Buenos Aires. Existe bajo la modalidad de residencia básica (duración de 4 años, con un año de Clinica Medica y luego 3 años de Gastroenterología) y de postbasica (duración de 3 años, como requisito se debe tener una residencia previa en Clinica Médica avalada por el Ministerio de Salud)
• Carrera de Postgrado en Gastroenterología: avalada por la Facultad de Ciencias Médicas de la Universidad Nacional de La Plata. Tiene una duración de 3 años y tiene como requisito tener un año de formación en Clínica Médica.